молекулярная динамика

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны (заключительная часть)

07.05.2021

белки, визуализация, каналы, молекулярная динамика, нейроны, персоналии

В молодости Клаус Шультен воображал, что станет танцором, и будет жить не полагаясь ни на что, кроме собственного разума и тела. «Но танцор из меня вышел никудышный, – вспоминает он. – Итак, следующим вариантом жизненного пути для меня была теоретическая…

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 3

04.05.2021

белки, молекулярная биология, молекулярная динамика, персоналии

Предыдущая часть Оглавление Они не станут обманывать невинную молодежь Аквапорины, давно искомые водные каналы Пращи и стрелы Вход в новый класс белков: механочувствительные каналы Очарование воздушного шара Методологическая разработка для Энигмы Они не станут обманывать невинную молодежь В 1992 году…

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 2

28.04.2021

кластер, молекулярная динамика, параллелизация, параллельные вычисления

Предыдущая часть С самодельным параллельным суперкомпьютером в рюкзаке Клаус Шультен терпеливо ждал в чикагском аэропорту О’Хара, надеясь, что после прибытия из Германии ему не составит труда пройти таможню. Это было летом 1988 года, и Шультен собирался начать новую работу в…

Что такое температура и как её учитывать в молекулярном моделировании? Реализация на CUDA

06.01.2021

CUDA, абсолютно чёрное тело, молекулярная динамика, температура, термостат

Методы численного моделирования молекулярных систем, такие как молекулярная динамика, рассматривают эти системы как механические (что-то вроде набора шариков на пружинках). Однако, в отличие от механических систем, для молекулярных существует понятие температура. Вещество не может существовать без температуры, а температура –…

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть III: Внутримолекулярное взаимодействие

21.08.2020

CUDA, внутримолекулярное взаимодействие, математическое моделирование, молекулярная динамика, непостоянное поле сил

До этого мы рассматривали молекулярную динамику, где законы взаимодействия между частицами зависели исключительно от типа частиц или от их заряда. Для веществ молекулярной природы взаимодействие между частицами (атомами) сильно зависит от того, принадлежат ли атомы одной молекуле или нет (точнее,…

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть II: Суммирование по Эвальду

07.07.2020

CUDA, математическое моделирование, молекулярная динамика, суммирование по Эвальду, численные методы, электростатика

В предыдущей статье мы обсудили основу метода молекулярной динамики, в том числе вычисление энергии и сил взаимодействия между частицами с заданными парными потенциалами. А что, если частицы обладают некоторым электрическим зарядом? Например, в том случае, если мы моделируем кристалл поваренной…

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть I: Основы

26.06.2020

CUDA, математическое моделирование, молекулярная динамика, численные методы

Цель данной статьи – поднять вопросы распараллеливания кода программы для численного моделирования методом молекулярной динамики (МД) с помощью технологии CUDA. Зачем это вообще нужно, ведь уже существуют программные пакеты по МД, работающие в том числе и на CUDA? Дело в…

молекулярная динамика

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны (заключительная часть)

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 3

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 2

Что такое температура и как её учитывать в молекулярном моделировании? Реализация на CUDA

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть III: Внутримолекулярное взаимодействие

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть II: Суммирование по Эвальду

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть I: Основы

Паблик ВКонтакте

Последние посты