Русский
Паблик ВК
Телеграм Канал
Магазин
Обратная связь
18+
SE7EN.ws

молекулярная динамика

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны (заключительная часть)

белки, визуализация, каналы, молекулярная динамика, нейроны, персоналии
В молодости Клаус Шультен воображал, что станет танцором, и будет жить не полагаясь ни на что, кроме собственного разума и тела. “Но танцор из меня вышел никудышный, – вспоминает он. – Итак, следующим вариантом жизненного пути для меня была теоретическая…
Читать дальше

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 3

белки, молекулярная биология, молекулярная динамика, персоналии
Предыдущая часть Оглавление Они не станут обманывать невинную молодежь Аквапорины, давно искомые водные каналы Пращи и стрелы Вход в новый класс белков: механочувствительные каналы Очарование воздушного шара Методологическая разработка для Энигмы Они не станут обманывать невинную молодежь В 1992 году…
Читать дальше

Суперкомпьютеры и клеточные мембраны 2

кластер, молекулярная динамика, параллелизация, параллельные вычисления
Предыдущая часть С самодельным параллельным суперкомпьютером в рюкзаке Клаус Шультен терпеливо ждал в чикагском аэропорту О’Хара, надеясь, что после прибытия из Германии ему не составит труда пройти таможню. Это было летом 1988 года, и Шультен собирался начать новую работу в…
Читать дальше

Что такое температура и как её учитывать в молекулярном моделировании? Реализация на CUDA

CUDA, абсолютно чёрное тело, молекулярная динамика, температура, термостат
Методы численного моделирования молекулярных систем, такие как молекулярная динамика, рассматривают эти системы как механические (что-то вроде набора шариков на пружинках). Однако, в отличие от механических систем, для молекулярных существует понятие температура. Вещество не может существовать без температуры, а температура –…
Читать дальше

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть III: Внутримолекулярное взаимодействие

CUDA, внутримолекулярное взаимодействие, математическое моделирование, молекулярная динамика, непостоянное поле сил
До этого мы рассматривали молекулярную динамику, где законы взаимодействия между частицами зависели исключительно от типа частиц или от их заряда. Для веществ молекулярной природы взаимодействие между частицами (атомами) сильно зависит от того, принадлежат ли атомы одной молекуле или нет (точнее,…
Читать дальше

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть II: Суммирование по Эвальду

CUDA, математическое моделирование, молекулярная динамика, суммирование по Эвальду, численные методы, электростатика
В предыдущей статье мы обсудили основу метода молекулярной динамики, в том числе вычисление энергии и сил взаимодействия между частицами с заданными парными потенциалами. А что, если частицы обладают некоторым электрическим зарядом? Например, в том случае, если мы моделируем кристалл поваренной…
Читать дальше

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть I: Основы

CUDA, математическое моделирование, молекулярная динамика, численные методы
Цель данной статьи – поднять вопросы распараллеливания кода программы для численного моделирования методом молекулярной динамики (МД) с помощью технологии CUDA. Зачем это вообще нужно, ведь уже существуют программные пакеты по МД, работающие в том числе и на CUDA? Дело в…
Читать дальше

Паблик ВКонтакте