CUDA

Что такое температура и как её учитывать в молекулярном моделировании? Реализация на CUDA

Научно-популярное06.01.2021

Методы численного моделирования молекулярных систем, такие как молекулярная динамика, рассматривают эти системы как механические (что-то вроде набора шариков на пружинках). Однако, в отличие от механических систем, для молекулярных существует понятие температура. Вещество не может существовать без температуры, а температура – без вещества (на счет последней части утверждения есть и другое мнение). Из опыта мы знаем,...

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть III: Внутримолекулярное взаимодействие

Научно-популярное21.08.2020

До этого мы рассматривали молекулярную динамику, где законы взаимодействия между частицами зависели исключительно от типа частиц или от их заряда. Для веществ молекулярной природы взаимодействие между частицами (атомами) сильно зависит от того, принадлежат ли атомы одной молекуле или нет (точнее, связаны ли они химической связью). Например, вода: очевидно, что водород с кислородом внутри одной молекулы...

Перенос молекулярной динамики на CUDA. Часть II: Суммирование по Эвальду

Научно-популярное07.07.2020

В предыдущей статье мы обсудили основу метода молекулярной динамики, в том числе вычисление энергии и сил взаимодействия между частицами с заданными парными потенциалами. А что, если частицы обладают некоторым электрическим зарядом? Например, в том случае, если мы моделируем кристалл поваренной соли, состоящий из ионов Na+ и Cl—. Или водный раствор, содержащий те или иные ионы....