Как open source решение помогает всему миру разработать доступное лекарство от COVID-19

Меня зовут Петя Пархоменко, я один из дизайн-директоров компании EPAM. Сегодня будет вдохновляющая история о пользе Open Source проектов. О том, как наш редактор химических формул помогает учёным из разных стран объединяться и спасать мир.

Мы сами не ожидали, где и как пригодится наш продукт

Есть как минимум две причины, которые вдохновляют нас на разработку некоммерческих проектов. Первая — сделать мир лучше, помогая другим людям делать его лучше. Вторая причина — немного прославиться, показать всем, чем мы занимаемся и что умеем.

Специфика работы в EPAM заключается в том, что почти все наши проекты под жесточайшим NDA, и мы не сможем вам о них рассказать, пока вы не придёте к нам на собеседование. А собственные проекты — это хорошая возможность «пошуметь» в профессиональном сообществе.

Ketcher стал одним из наших некоммерческих проектов. По сути, это графический веб-редактор химических формул — лёгкий, понятный и быстрый. Можно нарисовать формулу с нуля, загрузить из файла или импортировать из картинки.

Ketcher — проект с богатой историей на GitHub. В прошлом году мы собрали отдельную дизайн-команду волонтёров. Ребята отправились на поиски существующих пользователей, чтобы понять, в какую сторону улучшать Ketcher. Главным открытием для нас стал проект MoonShot — международная команда учёных, встроившая в свой процесс исследований лекарства от COVID-19 наш редактор.

Чем занимаются учёные в проекте MoonShot 

Некоммерческий проект MoonShot запустила научная организация PostEra — в его рамках учёные со всего мира разрабатывают лекарства от COVID-19. Некоторые фармацевтические компании уже продают лекарство от коронавируса по 500–700 $ за курс, а основная цель MoonShot — найти более доступную формулу, чтобы наладить массовое производство препарата и сделать его дешевле. У препарата даже не будет патента — любая фармакологическая компания сможет воспользоваться итоговой формулой и выпустить лекарство. Это круто: так препарат будет доступен в любом уголке Земли.

Проект работает по принципам открытой науки: собирает деньги на разработку, а взамен открыто рассказывает в Сети о своих успехах и неудачах. В 2022 году учёные планируют запустить клинические испытания лекарства от COVID-19.

Как на проекте MoonShot используют Ketcher

Чтобы ускорить разработку лекарства, основатели MoonShot сделали платформу для сбора заявок максимально открытой. Любой учёный может загрузить свою формулу, и экспертный совет оценит её потенциал и передаст в дальнейшую обработку ИИ.

Вот как выглядит процесс:

1. Учёный загружает химическую формулу в Ketcher. Он может собрать её прямо в редакторе или найти в интернете составные части соединения и собрать свою формулу на платформе. В графе «Текст» учёному нужно описать, почему эта формула может помочь. Можно привести теоретические доказательства, не обязательно эксперименты.

2. Ketcher переводит нарисованные элементы химической формулы в текстовый вид, а потом за дело берётся искусственный интеллект PostEra. ИИ не только оценивает формулу, но также предлагает варианты, как именно синтезировать такое же или похожее вещество.

Как крауд-проекту MoonShot удалось быстро найти работающие формулы и запланировать клинические испытания через два года после начала разработок

Я думаю, проект MoonShot провалился бы, если бы на разных этапах его не поддержали неравнодушные люди.

1. Учёные пользуются бесплатными программами, которые ускоряют разработку лекарства, например веб-редактором химических формул Ketcher.

2. Сотни учёных со всего мира безвозмездно придумывают формулы для лекарства от COVID-19 — денег на этом этапе они не получают, рассчитывать на зарплату могут лишь те, чьи формулы признают потенциально удачными.

3. Проект MoonShot запустил краудфандинг и собрал 60 421 $ добровольных пожертвований.

4. Отдельные компании жертвуют деньги на разработку лекарства от COVID-19 и выдают гранты. Например, компания LifeArc выдала учёным MoonShot грант в размере 100 000 фунтов стерлингов.

5. Американская организация банкиров предоставляет проекту MoonShot высокомощные компьютеры для автоматизированных экспериментов. Это ускорило проверку потенциально удачных соединений — проверка на лабораторных животных заняла бы куда больше времени.

6. Компании по всему миру предлагают свою помощь. Например, самые удачные соединения препарата синтезируются компаниями Enamine на Украине, Sai Life Sciences в Индии и Wuxi в Китае.

Это пример эффекта домино: достаточно небольшого импульса. Пара человек решает запустить некоммерческий проект, и на них буквально сходит лавина предложений о сотрудничестве: учёные присылают свои наработки и готовы трудиться днём и ночью, частные компании и государства выделяют деньги, а IT-компании бесплатно предлагают технологии и опенсорс-программы.

Так наш pet-проект принял участие в большой коллаборации, которая дала людям и технологиям возможность объединиться и совместно делать по-настоящему крутые вещи. Это вдохновляет.