Но определённый простор для творчества разработчики получили благодаря необычному контроллеру консоли.
Об амбициозных планах Retro Studios на создание открытого мира в Metroid Prime 3 в 2007 году рассказал старший директор разработки игры Брайан Уокер в подкасте Kiwi Talkz. Изначальная концепция игры подразумевала, что главная героиня Самус сможет перемещаться на своём корабле по масштабным локациям.