До перехода в студию он был старшим аниматором в Mass Effect и Mass Effect 2, а также анимационным директором Assassin’s Creed III.
Джонатан Купер перешёл из Ubisoft Montreal в Naughty Dog в 2014 году и проработал в студии больше пяти лет. Он занимался постановкой больше 120 экшн-сцен в Uncharted 4, финалом Uncharted: The Lost Legacy, а также кинематографичными вставками и геймплеем The Last of Us: Part II.
Купер не уточнил, почему решил покинуть Naughty Dog и что будет делать в дальнейшем.
До перехода в Naughty Dog Купер также работал старшим аниматором Deus Ex: Human Revolution, а в 2019 году выпустил книгу об анимации в видеоиграх — «GAME ANIM: Video Game Animation Explained».
24 октября Naughty Dog перенесла релиз The Last of Us: Part II с 14 февраля на 29 мая 2020 года. Как объяснил геймдиректор игры Нил Дракманн, это позволит разработчикам отполировать продолжение до нужного качества и снизит уровень стресса в команде.