Анализ дыхания растений с помощью машинного обучения

Анализ дыхания растений с помощью машинного обучения

Современное мировое сельское хозяйство функционирует в условиях жесткого дефицита водных ресурсов при постоянно растущем спросе на продовольствие. Продуктивность агрокультур напрямую коррелирует с точностью прогнозирования процессов фотосинтеза и транспирации. Ключевым звеном в этой цепи являются устьица — микроскопические поры на эпидермисе листьев, регулирующие поглощение углекислого газа и испарение влаги.

В 2025 году группа ученых из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне представила инновационную платформу Stomata In-Sight. Система интегрирует методы конфокальной микроскопии, высокоточные измерения газообмена и автоматизированный анализ изображений на базе машинного обучения (ML). Данное решение позволяет в режиме реального времени сопоставлять геометрические параметры устьиц с физиологическими показателями проводимости и фотосинтеза. Подобный комплексный подход открывает новые горизонты в селекции засухоустойчивых культур и оптимизации водопотребления в растениеводстве.

Механизмы работы устьичного аппарата

Строение и функции устьиц

Устьице представляет собой сложный биомеханический клапан, состоящий из двух замыкающих клеток. Изменение их тургорного давления приводит к открытию или закрытию поры, что определяет интенсивность газообмена. Через эти микроотверстия растение получает CO₂, необходимый для синтеза органических веществ, и одновременно теряет воду в процессе испарения. Таким образом, состояние устьиц является индикатором баланса между питанием и сохранением влаги.

Апертура (степень открытия) пор крайне динамична и чутко реагирует на внешние стимулы. Без строгого контроля освещенности, влажности и концентрации углекислого газа во время наблюдений устьица могут изменить свое состояние за считанные секунды. Это создает проблему десинхронизации между визуальными данными микроскопии и реальными физиологическими процессами в листе.

Ограничения классических подходов

Традиционно исследователи сталкивались с дилеммой при выборе метода изучения. Микроскопия дает детальную визуальную картину, но условия на предметном столике зачастую далеки от естественных, что искажает поведение растительных тканей. Газообменные системы, напротив, обеспечивают стабильную среду и точные количественные показатели, однако они выдают лишь усредненные данные по всей площади листа.

При использовании стандартных методов невозможно отследить распределение апертур по поверхности: ученым приходится полагаться на допущение, что все устьица ведут себя однородно. Если же в реальности наблюдается вариативность, интерпретация реакции растения на стресс становится некорректной. До появления Stomata In-Sight совмещение прямой визуализации и точных физиологических замеров было технически труднореализуемой задачей.

Техническая архитектура Stomata In-Sight

Схема установки Stomata In-Sight

Разработанная система синхронизирует сбор визуальных данных с регистрацией уровня фотосинтеза и транспирации. Оптический блок базируется на двухфотонной лазерной сканирующей конфокальной микроскопии, которая использует естественную автофлуоресценцию растительных тканей. Полученные Z-стеки (серии послойных снимков) преобразуются в детализированные двухмерные проекции для последующего анализа.

Ключевым элементом программной части стал модуль на основе ML-платформы Biodock. Нейросеть обучалась на обширном массиве данных, включающем более 1300 аннотаций устьичных комплексов, замыкающих и вспомогательных клеток. В процессе обучения применялись алгоритмы аугментации данных (повороты, масштабирование, коррекция контраста), что позволило модели безошибочно распознавать структуры даже при вариативности условий съемки.

Автоматизированный конвейер извлекает такие параметры, как площадь, длина и ширина поры, исключая человеческий фактор и необходимость ручной разметки тысяч кадров. Валидация системы подтвердила высокую корреляцию между данными нейросети и результатами ручных измерений, что делает метод надежным инструментом для массового анализа.

Методология эксперимента

Для тестирования системы использовалась кукуруза (Zea mays, генотип B73). Экспериментальная установка включала модифицированную газообменную камеру, интегрированную с системой LI-6800. Конструкция камеры позволяла вести съемку с нижней (абаксиальной) стороны листа через специальное оптическое окно, сохраняя при этом герметичность и контроль параметров среды.

Особое внимание уделили подавлению вибраций от вентиляторов системы газообмена, которые могли бы нарушить четкость микроскопических снимков. Исследователи разработали амортизирующий подвес и подобрали оптимальный режим работы оборудования, обеспечивающий перемешивание воздуха без потери качества изображения.

В ходе эксперимента растения последовательно переводили через пять состояний: от полной темноты до различных уровней концентрации CO₂ (от 150 до 750 ppm) при стабильной освещенности. Измерения проводились только после полной адаптации листа к новым условиям.

Результаты и научная ценность

Исследование подтвердило, что автоматизированный анализ апертур устьиц полностью соответствует динамике газообмена. В темноте и при высокой концентрации углекислого газа наблюдалось сужение пор, тогда как снижение уровня CO₂ провоцировало их активное открытие. Благодаря Stomata In-Sight удалось установить, что даже внутри одного участка листа устьица демонстрируют значительную вариативность поведения.

Основные достижения проекта:

  • Синхронизация данных: Впервые удалось связать анатомические параметры конкретных пор с интегральными показателями жизнедеятельности листа в идентичных условиях.
  • Масштабируемость: Использование машинного обучения позволяет обрабатывать массивы данных, недоступные для ручного анализа.
  • Прогностическая точность: Анатомические модели проводимости, построенные на базе визуальных данных, показали отличное совпадение с физическими измерениями газообмена.

Практическая значимость работы заключается в создании мощного инструментария для агробиотехнологий. Понимание того, как плотность и размер устьиц влияют на эффективность использования воды, позволяет целенаправленно создавать сорта растений, способные давать высокие урожаи в условиях меняющегося климата.


Размещайте облачную инфраструктуру и масштабируйте сервисы с надежным облачным провайдером Beget. Эксклюзивно для читателей SE7ENа — бонус 10% при первом пополнении.


Воспользоваться предложением Beget
Воспользоваться
 

Источник

Читайте также